IAIN Kudus menyelenggarakan Audit ISO 21001:2018 yang dalam hal ini di koordinasikan oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) IAIN Kudus. Audit ISO 21001:2018 sendiri standar internasional yang disusun oleh International Organization for Standardization (ISO) yang memberikan panduan untuk sistem manajemen organisasi pendidikan.

Standar ISO 21001:2018  ini dirancang khusus untuk organisasi yang memberikan layanan pendidikan, dari tingkat sekolah dasar hingga universitas, serta lembaga pelatihan dan penyedia pendidikan lainnya, berorientasi pada kebutuhan dan harapan peserta didik, dengan tujuan untuk meningkatkan proses pembelajaran dan hasil pendidikan, membantu organisasi pendidikan untuk terus meningkatkan kualitas layanan pendidikan melalui pengelolaan yang efektif, mendorong inklusi dan aksesibilitas dalam lingkungan pendidikan, sehingga semua peserta didik memiliki kesempatan yang sama untuk belajar, serta membantu institusi pendidikan perguruan tinggi menetapkan metode untuk menilai efektivitas layanan pendidikan dan membuat perbaikan bila diperlukan

Audit diselenggarakan dalam dua tahap, yaitu tahap pertama dilaksanakan pada tanggal   17-18 September 2024 dan tahap kedua dilaksanakan pada tanggal 14 - 16 Oktober 2024. Audit dilakukan kepada semua unit kerja di lingkungan Institut Agama Islam Negeri, yaitu kepada semua Fakultas, UPT, Lembaga, dan Biro AUAK.  Audit dilaksanakan simultan dengan merujuk kepada pelaksanaan wawancara atau interview dan menunjukkan evidence atau data dukung masing-masing unit, Lembaga, Fakultas dan Biro AUAK.

Subbag Layanan Akademik mendapatkan kesempatan audit tahap pertama pada tanggal 17 September 2024 yang dilaksanakan di ruang Biro AUAK dengan dihadiri oleh Auditor , dengan melakukan tanya jawab dan meminta data dukung kepada Kasubbag Layanan Akademik dengan didampingi oleh Kabag Umum dan Layanan Akademik, Kepala Biro AUAKA, Wakil Rektor I dan Wakil Rektor II. Auditor menanyakan beberapa hal terkait dengan pelayanan di sektor akademik, kemahasiswaan dan kerjasama dengan meminta data dukung berupa dokumen SOP, Standar Layanan Minimal.

Pada Audit Tahap II, Subbag Layanan Akademik kembali mendapatkan kesempatan melaksanakan audit II pada tanggal 14 Oktober 2024 dengan dihadiri oleh Kasubbag Layanan Akademik, dengan didampingi Kepala Biro AUAK. Auditor pada kesempatan audit tahap II, kembali menanyakan terkait dengan pelayanan bidang akademik dan kemahassiwaan, yaitu terkait alur penerimaan mahasiswa baru, penyelesaian masa studi mahasiswa tingkat akhir dan tindak lanjutnya serta kebijakan akademik yang sudah di masukkan ke dalam pedoman dan panduan akademik.